L’Església de Sant Joan Baptista està situada al nucli antic de la localitat de Muro de l’Alcoi. Les festes patronals comencen des d’ací i també hi finalitzen. La Mare de Déu dels Desemparats és traslladada durant els dies festius des la seua ermita fins a la parròquia, on roman quinze dies per a la seua veneració i adoració pels veïns devots de la localitat.
Edifici d’estil renaixentista, amb una sola nau voltada, amb quatre capelles a cada banda i dues sagristies al mig de les quals s’alçava l’altar major. Els arcs eren de rajola i els cantons i la portada principal de pedra llaurada amb motllures. Aquell temple va estar en ús fins la construcció de l’actual parròquia, d’estil neoclàssic, començada el 1827 i inaugurada el 1837, sent el seu arquitecte Fra Vicente Cuenca.
Formant part del projecte de construcció del temple, es trobava el retaule de l’altar major, que a més de la part destinada a la pintura havia de posseir unes figures escultòriques que completarien el conjunt, uns àngels a la part central i estàtues d’Adam i Eva als cantons. Quant a la pintura del retaule, es va realitzar des l’any 1604 fins 1607 i el seu autor va ser Jerónimo Rodríguez d’Espinosa, ajudat per Jaime Terol com a decorador. El retaule estava compost per un conjunt total de nou taules, cinc de les quals es troben al Museu Diocesà i les restants que no se sap on són. Hui en dia, es troben al Museu de la catedral de València cinc taules que formen part del retaule major de l’antiga església de Muro, que es troben en mal estat de conservació degut, en part, a l’incendi sofert pel Palau Arquebisbal durant la Guerra Civil. La tècnica empleada pel pintor és un temple gras sobre taula. Les mesures de les taules són semblants, al voltant dels e 153 x 99´5 cm; estan compostes per quatre taules disposades longitudinalment amb tres travessers igualment disposats per tal de reforçar les unions. Les taules porten un recobriment de rebava i cola animal per l’anvers i pel revers.
Actualment, al retaule apareix la Mare de Déu dels Desemparats al centre, donat que va ser proclamada patrona el 5 de març de 1907 per la devoció dels murers i pel culte públic amb manifestacions festives. A una banda i a l’altra apareix el copatró Sant Roc (antigament patró de la vila), i San Francesc de Borja, que va ser superior dels jesuïtes.
